控制和管理系統一般采用計算機控制和管理，根據自動化立體倉庫的不同情況采取不同的控制方式，有的倉庫只采取對存取堆垛機、出入庫輸送機的單臺PLC控制，機與機之間無聯系；有的倉庫對各臺機械進行聯網控制。更高級的自動化立體倉庫的控制系統采用集中式控制、分離式控制和分布式控制，即由管理計算機、中央控制計算機和堆垛機、出入庫輸送機等直接控制的可編程序控制機械組成控制系統。

    一般來說，自動化立體倉庫控制和管理系統可分成三級，即管理級、監控級和設備控制級。

    管理級系統是自動化立體倉庫的管理中心，承擔下發貨物存取指令、入庫管理、出庫管理、盤庫管理、賬單數據查詢、報表打印及顯示、系統參數維護等功能。

    1.庫存管理

    它能迅速、及時地通過外部輸出設備做出包括庫存目錄表、日報表、月報表、出庫預定表、缺貨文件目錄表等庫存管理所需要的文件報表。通過與計算中心之間的通信聯系，可向生產、計劃、調度等部門迅速而正確地提供庫內的原始數據，組織全廠完整的數據處理。

    2.貨架管理

    對于高層貨架冷庫，在存放品種多時，能夠正確迅速地指出哪一貨位存放什么品種，哪一貨位是空的，以及正確地選定出、入庫的最宜貨格，這對出、人庫作業的效率是十分重要的。因為管理人員要爬到20多米高處去檢查。將是十分困難的。計算機管理貨架貨位的功能比其自動化控制更為重要。在國外，有許多冷庫內的計算機僅作貨架管理及數據處理用。

    3.控制功能

    計算機參與控制。可分為離線控制和在線控制兩類，也就是間接或直接去控制職能機構，完成頂定的某種動作。

    監控級系統通過專用數據采集元件或設備將立體倉庫內的相關信息采集到監控計算機內，通過工業監控軟件的處理，將倉庫內的信息以圖表或數值的方式實時反映給倉庫管理者，達到全面、實時地了解設備運行情況及遠程控制自動化立體倉庫的目的，可以實現對立體倉庫中主要設備的自動化運行數據采集、監視和控制，使控制設備能夠根據系統的要求進行高效、準確地工作，從而實現貨物的自動存儲和發送。

    設備控制級系統主要根據管理級或監控級的命令控制堆垛機和輸送機的動作，同時向監控層反饋各設備運行狀態和任務完成情況。為了對起重機、運輸機等職能機構進行遠距離的順序控制，保持控制器與職能機構之間的信息聯系是必不可少的，即必須把現場物流的位置正確地檢測出來，并通過傳輸向控制器報告。而經控制器邏輯運算后發出的作業指令又通過傳輸正確地送到職能機構。