冷藏集裝箱的主要制冷方式有：水冰制冷、干冰制冷、液氮制冷、冷凍板制冷、機械制冷和氣調六種。
1.水冰制冷冷藏集裝箱
水冰制冷冷藏集裝箱主要用于低溫貨物的運輸，運輸溫度在0℃以上，這種集裝箱不能調節箱內濕度，只適用于短距離運輸。其優點是造價低，不易出現故障；但是水冰制冷冷藏集裝箱保溫時間較短，運送的貨物需要防水包裝，融解的液體易腐蝕箱體和貨物。另外如不安裝強制循環風扇，箱內溫度不均勻。
2.干冰制冷冷藏集裝箱
干冰制冷冷藏集裝箱主要用于低溫貨物和凍結貨物的運輸，運輸溫度在-20℃以上；因干冰蒸發形成氣體故可以適當降低箱內濕度。它適合近距離運送貨物，價格便宜、不易出現故障。但干冰式集裝箱保溫時間較短，冷源不易獲得，并且箱內溫度不均勻。
3.液氮制冷冷藏集裝箱
液氮制冷與干冰制冷冷藏集裝箱的特點基本相同，但采用液氮制冷的集裝箱內溫度較為均勻，適合運送凍結貨物。
4.冷凍板制冷冷藏集裝箱
這種冷藏集裝箱主要用于低溫貨物和凍結貨物的運輸，運輸溫度在-20℃以上；由于冷凍板制冷時間較長，它適用于中距離的運輸。但冷凍板充冷所需時間較長，影響了運輸的效率，并且冷凍板一經安裝就不能拆卸，所以這種集裝箱低溫、冷凍不能兼用。
5.機械制冷冷藏集裝箱
利用制冷機制冷的集裝箱是運輸效果最好的一種。它可以將箱內溫度長期、穩定地控制在-20℃以下，適合貨物的長距離運輸。制冷機制冷的集裝箱箱內溫度均勻、濕度低，非常有利于貨物的運輸，但這種集裝箱造價較高，故障較多，修理技術要求較高，并且制冷設備重量較大，增加了運輸的成本。
6.氣調集裝箱
氣調集裝箱是調節集裝箱內空氣成分，將液態氮氣充入容器中氣化，以降低箱內氧氣的含量，控制水果蔬菜的呼吸作用和防止肉類脫水與氧化以延長運送時間的技術。氣調集裝箱是在原有制冷機集裝箱的基礎上加裝氣調設備和裝貨間，氣調設備由氧感應器、調節器和液氮罐組成。
