風冷式冷凝器的清洗比較簡單，可用細鋼絲平刷將冷凝器前后的外表面灰塵刷凈，對肋片里面深處的灰塵可用壓縮空氣吹凈。
水冷式冷凝器(包括蒸發式冷凝器)經過一段時間運行后換熱器表面會形成水垢及沉積物，使冷凝效果惡化。有資料統計:如果冷凝器水側表面有1.5mm的水垢，會造成冷凝溫度升高2.8℃，使制冷裝里功耗增加9%左右。此外結垢還會腐蝕設備，縮短設備的使用壽命。所以，要根據水質和冷凝器結垢情況，定期清洗冷凝器，保證其換熱效果。
由于各地水質差異較大，為了有效防止水垢，應請熟悉當地水質的水處理公司來處理水垢問題，按照GB 50050-2007(工業循環冷卻水處理設計規范)的相應要求來處理循環冷卻水，以獲得設備最大的換熱能力和使用壽命。
水冷式冷凝器的水側除垢有機械法和化學法兩大類。采用機械法時，將冷凝器兩端封頭拆下，手工用螺旋鋼絲刷深入管內往復拉刷，并用高壓水沖洗。或者用洗管器進行除垢，清洗時注意冷凝器換熱管與管板的脹口及焊口，以防抖動而振松。這種方法適用于鋼制冷卻管的冷凝器，不能用于銅管冷凝器。
化學清除法是用鹽酸或其他清洗液對水垢進行清除，由于設備換熱管脹接過程中多采用厭氧膠，應注意清洗用的清洗液不能與之起化學反應。按如下步驟進行:
①將冷凝器內的工質抽出。
②關閉冷凝器的進出水閥，拆下進出水管。
③將冷凝器的進出水管接酸洗系統，開動清洗泵，循環時間視水垢清除程度而定。
④清洗完后用堿溶液進行清洗中和。
⑤用清水沖洗，視水清為止。
⑥對冷凝器進行氣壓試漏，檢查換熱管在清洗后有無損傷。
