微機控制系統執行安全保護功能，在系統出現異常工作狀態時，能夠及時預報、警告，并能視情形惡化的程度，采取相應的保護措施，防止事故發生。此外，還可進行安全性監視等。安全保護按故障發生的程度，可分為重故障保護和輕故障保護兩種。

重故障保護是針對制冷機組設備發生異常情況而采取的保護措施。這種情況下，系統故障發生，導致安全保護裝置動作后，必須檢測設備，查出機組異常工作的原因，待排除故障后，再通過人工起動，才能使機組恢復到正常運行。

輕故障保護是針對機組偏離正常工況而采取的一種保護措施，機組自動控制系統能夠根據異常情況采取相應的措施，使參數從異常恢復到正常，并使機組自動重新起動運行。