產品包裝箱的設計和堆放形式是提高水預冷系統的運作效率的重要因素，會影響冷卻過程中的熱交換。

許多產品包裝在水預冷系統中取得了很好的效果。如果冷卻過程在包裝前進行，產品常被放置于塑料筐和大箱子內。若包裝后再冷卻，包裝可以使用木箱、打蠟紙箱和網眼塑膠袋等。

包裝后產品的堆放必須預留空間，使得冷水能夠進入產品包裝箱內。如果冷水只是流經包裝箱外部而無法進入包裝箱內，不僅耗費時間長，而且冷卻效果不佳。頂部封閉的紙板箱內的產品最難被冷卻，除非在箱子的頂部和底部開口，使冷卻水可以流通。不論選擇哪種方式，堆放的產品或包裝箱之間都必須留有空間，使冷水能夠接觸到所有產品。