冷卻后的魚并不能長期貯藏，一般只用于鮮魚運輸和加工或銷售前的暫時貯藏。為了長期貯藏，必須將魚體溫度降得更低。在生產中，凍魚的最終溫度根據凍結設備、工藝和貯藏期的不同而異。如只需短期貯藏的魚類，可將魚層表面5~10mm厚的一層凍至-3℃~-5℃,魚體內部只有0~1℃,貯存于-3℃庫房中，可貯藏20天左右，這種方法稱為“微凍保鮮”。如要長期貯藏，凍魚的溫度要降到-15℃以下，此時魚體中85%以上的水分己經凍結。對某些魚類(如金槍魚等)，有采用-18~20℃甚至更低的溫度。在這樣的凍結過程中，魚體內發生的不良變化很小，能夠貯藏較長時間，解凍后新鮮度較好，產品質量較高。
魚類凍結前的清洗和整理
鮮魚在凍結前必須經過挑選和整理。先剔去已腐敗變質和受機械損傷的魚和雜魚，然后將魚放在清潔水中洗滌〔最好3~4℃水)，以清除魚體上的粘液和污物(無鱗而多脂的魚，如帶魚、紹魚等則不必清洗，因洗滌會使其在冷藏過程中因脂肪氧化而迅速變黃)。清洗時要輕拿輕放，魚在水中停留時間不得過長。
需裝盤凍結的鮮魚，必須經過整理，因為魚整理得是否平直整齊會影響到魚的質量和損耗。
