制冷系統按采用制冷劑的不同，主要分為氨制冷系統和氟利昂 制冷系統等，兩者之間比較如下。
(1)一次投資性 一般情況下，大中型氨制冷劑系統較同規模的毛利昂制冷系統投資少。這主要是因氟利昂制冷機組、設備、管路、制冷劑、冷凍油等價格及自動化較高，投資相對較高。
(2)運行成本 氨制冷劑價格低廉，并且制冷劑單位制冷量大，耗電較少，運行成本較低。氟利昂制冷劑價格較高，單位制冷量較小，耗電相對較多，運行成本相對較高。
(3)環保特性 氨制冷劑是天然制冷劑，消耗臭氧系數ODP=0，地球變暖系數CWP=0，對環境無污染。氟利昂制冷劑因破壞大氣層的特性，將被逐步淘汰。
(4)節能特性 氨制冷系統制冷系數COP較大，節能效果較好。氟制冷系數COP較小，節能效果相對較差。
(5)安全性 氨是易燃易爆有毒制冷劑，安全性相對較差。氨的刺激性氣味更具有容易被人們發現泄漏的情況，能及早發現處理的優勢。氟利昂是無毒、不燃燒的制冷劑，安全性較好。
(6)自動化控制程度 氨制冷系統多為人工操作管理，自動化程度相對較低，運行穩定性較好。氟利昂制冷系統自動化程度較高，一般不要人工操作管理。
在大、中型冷庫條件允許之下，一般還是選擇氨制冷系統。
