較大漁船的冷凍機房，采用氟利昂制冷劑的制冷設備一般設置在漁船機艙內，且必須設有良好的通風換氣設備、消防設備和檢測儀表、儀器，采用所制冷劑的冷凍機艙最好單獨設置，且應配備操作防護服、防毒用具(包括洋氣呼吸器)及配置有專用藥品等，制冷系統應安裝安全設施、信號器和事故提示，機房還應安裝漏氨消防設備。漁船的制冷系統應盡量不要采用氨作為制冷劑，以確保生產安全。

漁船機艙因設置有各種主機、輔機和其他機械，這些機械會發出大量的熱量使機艙溫度升高，加上水蒸氣、油蒸氣及油漏的制冷劑等，使機艙的空氣污濁，因此機艙要設置通風系統，保持機艙有一定的新鮮空氣，使機艙維持適當的溫度和濕度。通風系統主要有風機、風管、吸風口及排水口等。

漁船機艙通風一般采取機械送風，自然排風方式。機艙通風應保證有一定的送風量，使機艙工作區間的溫度與外界溫度偏差的絕對值為5~8℃。機艙內一般采用各種回轉變向的噴射式送風設備。